Добрый день
По общему правилу датой, на которую вы должны определить налоговую базу и исчислить НДС
более ранняя из следующих двух дат (п. 1 ст. 167 НК РФ):
1) день отгрузки (передачи) товаров (работ, услуг), имущественных прав;
2) день оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.
так что другими словами в 3 кв. :
1)если у вас вот такая ситуация
отгрузили например 15.09.
первая оплата 16.09.2016 и позже
тогда
на общую сумму счет-фактуры вы должны сделать запись в книге продаж с кодом 01 в 3 кв.2016 и в этом случае оплата не играет уже ни какой роли.
2) Вариант
оплата частично была раньше отгрузки
15.09.-оплатили 5000
16.09-отгрузили 15 000
тогда
15 числом запись с кодом 02 ндс суммы 5 000 ндс с аванса
16 числом запись с кодом 01 ндс с суммы 15 000
16 числом запись в книге покупок на вычет с аванса который был уплачен и был зачтен в счет поставки на сумму ндс 5000