То, что
Цитата: они говорят , что работают через 76 счет, что они просто перевыставляют нам услуги РЖД, и не отражают эти операции ни в книге продаж, ни в книге покупок, что такой порядок расчетов у них закреплен в учетной политике
похоже на комиссионный (посреднический) договор.
Но, если у Вас с ними именно договор оказания услуг, то для Вашего поставщика оказание услуг по договору - реализация и соответственно объект налогообложения НДС (п.1 ст.146 НК РФ). Соответственно, они должны исчислять налог к уплате и отражать его в книге продаж. НК РФ и ФЗ "О бух.учете" не предусмотрена возможность закрепления в учетной политике способа учета реализации на 76 счете с не отражением при этом сумм НДС на счетах учета и в регистрах учета. К тому же чужая учетная политика для Вас не может служить основанием для проведения или непроведения каких-либо операций.
У Вас право на вычет есть при условии оприходования данных услуг, наличия счет-фактуры и использования услуг в деятельности, облагаемой НДС (ст.171, ст.172 НК РФ). В НК РФ право налогоплательщика на возмещение НДС не связывается с фактическим внесением сумм налога в бюджет контрагентами поставщиков, не устанавливается и обязанность налогоплательщика подтверждать эти обстоятельства при предъявлении сумм НДС к вычету.
Но с таким выводом ИФНС вряд ли согласится, доначислит в бюджет НДС, а также штраф в размере от 20 до 40 % от суммы неуплаченного налога и пени (ст. 122 НК РФ, п.3,4 ст. 75 НК РФ). Ситуация спорная, но может быть решена в пользу налогоплательщика.
Консультация СПС Консультант+:
"...если судом будет установлено, что целью заключенных налогоплательщиком со спорными контрагентами договоров было создание видимости хозяйственных операций для обоснования правомерности возмещения обществом НДС, а представленные налогоплательщиком в подтверждение указанных налоговых последствий документы не соответствуют требованиям, установленным законодательством о налогах и сборах, суды законно и обоснованно откажут в удовлетворении заявленных требований (Постановление ФАС Поволжского округа от 10 сентября 2012 г. по делу N А72-7133/2011). При этом именно налоговый орган должен представить доказательства, бесспорно подтверждающие, что действия налогоплательщика не имеют экономического обоснования, направлены исключительно на искусственное создание условий для возмещения НДС из бюджета, то есть являются недобросовестными. Эти доказательства, как и доказательства, представленные налогоплательщиком, подлежат исследованию в судебном заседании согласно требованиям ст. 162 АПК РФ и оценке арбитражным судом в совокупности и взаимосвязи с учетом положений ст. 71 АПК РФ (Постановление ФАС Северо-Западного округа от 15 апреля 2013 г. по делу N А56-37969/2012). Таким образом, в случаях, когда налоговый орган отказывает лицу в праве на возмещение НДС по мотиву его недобросовестности как налогоплательщика, он обязан доказать именно недобросовестность в его действиях, а не ограничиваться формальным перечислением каких-либо фактов. Вывод о недобросовестности налогоплательщика должен быть основан на объективной информации, с бесспорностью подтверждающей, что действия налогоплательщика не имели разумной деловой цели, а были направлены исключительно на создание благоприятных налоговых последствий (налоговой выгоды)..." См. еще тему:
Поставщик не заплатил НДС